사업을 운영하다 보면 본점뿐 아니라 여러 지점을 운영하게 되는 경우가 많죠.
특히 프랜차이즈, 제조업, 도·소매업, 서비스업 등 다양한 업종에서 추가 사업장(지점, 공장, 영업소 등)을 내는 경우가 점점 늘고 있습니다.

그런데, 사업장이 여러 곳이면 세금 신고와 납부가 정말 번거로울 수 있어요.
실제 저희 청구스 고객사 중에도 “지점별로 부가가치세를 따로따로 신고·납부하다 보니, 인력도 시간도 두 배로 들고, 종종 헷갈려서 신고 누락으로 과태료를 맞은 적이 있다”는 사례가 종종 있었죠.

이런 번거로움을 한 번에 해결할 수 있는 제도가 바로 '사업자단위과세 제도’입니다.

1. 사업자단위과세 제도란?

사업자단위과세 제도란, 여러 개의 사업장을 가진 사업자가 사업자등록번호 하나로 모든 세무업무(세금계산서 발행, 부가가치세 신고 등)를 ‘주된 사업장’에서 한 번에 총괄해서 처리하는 제도입니다.

즉, 지점이 2개, 5개, 10개여도 본점 사업자등록번호 하나로 관리가 가능하다는 뜻이죠!

실제 경험 예시
저희 고객사 중 한 식품제조업 대표님은 본점 외에 지점 3곳, 물류센터 1곳을 따로 운영하다가, 매번 각 사업장별로 따로 신고·납부하는 게 너무 번거로워 사업자단위과세 제도로 전환하셨습니다.
이후엔 본점에서 한 번에 신고하니 실무 부담이 50% 이상 줄고, 세무조정 오류도 대폭 줄어들었다고 하시더라고요.

2. 사업자단위과세 제도의 주요 장점

• 사업자등록번호 1개로 모든 사업장 관리

• 부가가치세 신고·납부를 주된 사업장에서 한 번에 가능

• 세금계산서, 영수증 등 발행 업무 단순화

• 지점별 부가가치세 누락, 과오납 등 리스크 감소

특히 인력·시간이 부족한 중소기업, 스타트업에 정말 유용한 제도예요.

3. 사업자단위과세 제도, 누가 신청할 수 있나요?

• 법인사업자/개인사업자 모두 신청 가능

• 간이과세자, 공동사업자도 신청 가능

• 면세사업자는 신청 불가
  (단, 과세+면세 겸업사업자는 신청 가능)

4. 언제, 어떻게 신청하나요?

신규 사업자라면?

• 사업 개시일(즉, 첫 영업 시작일) 전후 20일 이내에 사업자단위과세로 등록 신청

이미 사업장을 운영 중이라면?

• 과세기간 개시 20일 전까지 사업자단위과세로 ‘변경등록’ 신청
  (예: 7월 1일부터 적용하고 싶다면 6월 10일까지 신청해야 함)

추가 사업장을 새로 낼 때?

• 추가 사업장 사업 개시일로부터 20일 이내 신청

실무 팁
저희 청구스에 문의주셨던 분 중엔 추가 사업장 오픈 사실을 깜빡 잊고 신고 기간을 넘긴 경우가 있었어요.
이렇게 기한을 넘기면 바로 적용이 어렵기 때문에, 사업장 추가 시 바로 신청하는 게 안전합니다!

포기(해지)도 가능할까?

• 네, 필요시 과세기간 개시 20일 전까지 포기 신고서를 제출하면 다시 각 사업장별 신고로 변경할 수 있습니다.

5. 실제 실무에서 주의할 점

① 세금계산서 발급

지점(종사업장)에서 매출이 발생하면 세금계산서 비고란에 ‘종사업장명’과 ‘주소’를 반드시 기입해야 합니다!
이걸 누락하면 가산세 등 불이익이 있을 수 있어요.

② 원천세 신고

• 원천세(4대보험 포함)는 본점에서 총괄 신고·납부

• 단, 지방소득세는 각 사업장 소재지 관할 자치단체에 따로 신고·납부해야 한다는 점 꼭 기억하세요!

실무 사례
한 고객사에서 지방소득세 신고를 깜빡해, 관할 시청에서 고지서가 한 번에 여러 곳으로 날아온 적이 있었습니다.
사업자단위과세 제도를 적용해도 ‘지방세 신고’는 각 사업장별로 따로 해야 하니 이 부분 주의하세요!

6. 사업자단위과세 신청 방법 (쉽게 따라하기)

1. 국세청 홈택스 접속

2. [민원증명] → [사업자등록정정(변경)신청] 메뉴 선택

3. 사업자단위과세로 전환 또는 신규 사업장 추가

4. 필요서류(사업자등록증, 임대차계약서 등) 첨부

5. 완료 후, 관할 세무서에서 승인 여부 확인

현장 Tip
신청 후 평균 3~7일 내에 승인되며, 간혹 관할 세무서에서 추가 자료를 요청하는 경우도 있습니다.

8. 실제 청구스 고객 Q&A

Q1. 사업자단위과세 신청하면 기존 사업자등록번호는 어떻게 되나요?

A: 주된 사업장(본점)만 사업자등록번호가 살아있고, 나머지 사업장(지점)은 ‘종사업장번호’로 관리됩니다.
세금계산서, 신고 등은 모두 본점 사업자등록번호로 진행합니다.

Q2. 중간에 지점을 더 추가하거나, 폐점할 경우 어떻게 하나요?

A: 지점을 추가할 때는 ‘종사업장 추가 등록’을 하면 되고, 폐점할 때도 홈택스 또는 세무서에서 ‘종사업장 폐업신고’를 따로 해주셔야 합니다.

Q3. 사업자단위과세 제도를 적용받다가 다시 원래 방식(사업장별 신고)으로 돌아가고 싶으면 어떻게 하나요?

A: 과세기간 시작 20일 전까지 ‘사업자단위과세 포기신고서’를 관할 세무서에 제출하시면, 다음 과세기간부터 각 사업장별로 따로 신고·납부가 가능합니다.

✨ 청구스!

사업장이 많아질수록 매출과 세금계산서 관리, 정말 복잡해지죠.
지점별 자료를 일일이 엑셀로 취합하고, 세금계산서 내역을 하나하나 체크하다 보면
자료 누락, 입력 실수, 정산 지연 같은 문제가 자주 발생합니다.

실제로 저희 고객사들도
청구스를 도입하기 전에는 각 지점에서 보내오는 자료를 수기로 취합하다가
누락된 데이터를 뒤늦게 발견해 부가가치세 신고 때 곤란을 겪은 경험이 많았어요.

이럴 때, 청구스와 같은 청구 관리 솔루션을 도입하면
각 지점의 매출과 세금계산서 내역이 자동으로 통합 관리되어
엑셀 취합, 수기 확인 같은 번거로움이 사라집니다. 청구스를 사용하신 고객사 중에는
세금계산서 발행 실수가 90% 이상 줄고,
입금 확인이나 미수금 관리도 자동화되어
실무 담당자분들이 야근에서 해방되셨다는 이야기를 정말 많이 들었습니다.

이제는 사업장이 많아도
청구스 하나면 매출, 청구, 세금계산서, 입금 확인까지
모두 한 번에 자동화할 수 있습니다. 복잡한 세무·청구 업무,
이제는 청구스로 쉽고 똑똑하게 해결해보세요! 궁금하신 점 있으시면 언제든 편하게 문의해 주세요😊
실제 도입 사례와 실무 노하우로 꼼꼼하게 도와드리겠습니다!

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