매입자발행세금계산서 제도 총정리! 판매자가 계산서를 발행하지 않아도, 매입자가 직접 발급할 수 있는 방법이 생겼습니다. 부가세 면세 거래에서 세금계산서를 못 받은 경우, 매입자발행계산서를 통해 비용처리와 부가세 공제를 받을 수 있습니다. 실무 예시와 함께 신청 절차, 주의사항까지 정리해드립니다.

청구스

2025. 6. 11.

“식자재 납품받았는데 거래처가 폐업해버렸어요. 계산서를 못 받았는데 이거 비용처리 안 되는 건가요?”
– 실제 청구스 고객 상담 중

사업하시다 보면 예상치 못한 상황, 특히 거래처의 폐업, 잠적, 연락두절로 세금계산서를 못 받는 일이 생깁니다. 과거에는 이럴 때 속수무책이었지만, 이제는 매입자가 직접 계산서를 발행할 수 있는 제도가 생겼습니다. 2023년 7월부터 시행된 ‘매입자발행계산서’ 제도가 바로 그것이죠.

이번 글에서는 실무자분들이 반드시 알아야 할 이 제도의 핵심 내용과 실제 적용 방법, 주의할 점까지 정리해드립니다.


📌 매입자 발행 계산서 제도란?

2023년 7월 1일부터 시행된 제도로, 부가가치세 면세 거래에서 판매자가 계산서를 발행하지 않는 경우 매입자가 직접 계산서를 발행할 수 있도록 허용한 제도입니다.

이 제도가 도입된 이유는 아주 실무적입니다.

“판매자가 부도났다고요? 거래는 분명히 있었는데 계산서를 안 줬다니... 그러면 제 세금은요?”

이런 억울한 상황을 막고, 소득세 신고 시 비용으로 인정받을 수 있는 증빙 수단을 확보할 수 있도록 한 것이죠.


🧾 어떤 거래에 쓸 수 있나요?

다음 요건을 모두 충족해야 합니다.

  • 부가가치세가 면세되는 재화·용역 거래일 것
    예: 농산물, 수산물, 교육 서비스, 의료 서비스, 임대료 등

  • 공급가액 5만 원 이상일 것

  • 거래시기가 속한 과세기간 종료일부터 6개월 이내에 신청할 것
    예: 2023년 7월 1일 거래 → 2024년 6월 30일까지 신청 가능


📝 매입자가 계산서 발행하는 절차

  1. 거래사실 확인 신청
    홈택스나 세무서에 [거래사실 확인신청서]와 입증서류 제출
    (거래명세표, 영수증, 계좌이체 내역 등)

  2. 세무서에서 사실관계 확인
    판매자 관할 세무서와 함께 실거래 여부 조사

  3. 확인 결과 통지 수령
    매입자와 판매자 양쪽에 ‘거래사실 확인 통지’가 도착

  4. 매입자 발행 계산서 작성 및 보관
    세무서가 인정하면 매입자가 직접 계산서를 발행하고 보관
    (공급자에게는 발급할 수도 있고, 하지 않아도 되는 경우도 있음)


✅ 실무 팁: 이런 경우엔 이렇게!


실제 사례 ①: 폐업한 채소 납품업체

청구스 고객 중 한 음식점 사장님은 2023년 하반기, 매입한 채소에 대한 계산서를 받지 못했습니다. 확인해보니 거래처가 폐업 상태. 다행히 계좌이체 내역과 거래명세표가 있어 매입자발행계산서로 비용 처리에 성공했습니다.

💡 교훈: 현금거래보단 계좌이체를 해두면 이런 상황에서 증빙으로 쓰기 유리합니다.


실제 사례 ②: 수산물 거래 – 농어민이라도 OK?

“어민한테 직거래로 회를 사왔는데 계산서 못 받았어요.”
이런 경우엔 어민이 비사업자라면 매입자발행계산서는 적용되지 않지만,
👉 소득세법상 ‘농어민 거래’는 계산서 없이도 필요경비 인정이 가능합니다.

다만 이 경우에도 입금증, 거래명세서 등 증빙서류를 잘 챙겨놓는 게 중요합니다.


💡 매입자 발행 계산서의 2가지 큰 혜택

  1. 소득세 필요경비 인정
    – 비용 증빙이 없어도 매입자 발행 계산서만으로 인정 가능
    – 증명서류 수취 불성실 가산세도 피할 수 있어요

  2. 부가가치세 의제매입세액공제
    – 음식점, 제조업 등은 면세 농수산물 매입 시 부가세 환급 가능


⚠️ 유의사항

  • 사업자가 아닌 자(미등록업자 포함)와 거래한 경우는 원칙적으로 발행 불가

  • 신청기한(과세기간 종료 후 6개월 이내) 반드시 지킬 것

  • 신청서류 누락 또는 인적사항 오류 시 보정 요구 → 미이행 시 거부 처리


정리 요약

항목

내용

제도명

매입자발행계산서

대상

부가세 면세 거래에서 계산서 미발급된 경우

요건

5만 원 이상, 과세기간 종료 후 6개월 이내

절차

거래사실 확인 신청 → 세무서 확인 → 직접 발행

혜택

비용처리, 부가세 의제공제 가능


자주 묻는 Q&A

Q1. 매입자발행계산서는 어디서 신청하나요?

A. 홈택스에서 신청 가능하며, ‘일반세무서류 신청’ 검색 → 신청서 작성 후 입증서류 첨부
또는 관할 세무서 직접 방문도 가능합니다.

Q2. 공급자가 폐업했는데도 거래사실 확인이 되나요?
A. 가능합니다. 거래 입증자료(계좌이체 내역, 문자, 계약서 등)가 있다면 세무서에서 실거래 여부를 판단하여 발급할 수 있습니다.

Q3. 이 제도가 부가세가 붙는 일반 거래에도 적용되나요?
A. 아니요. 부가가치세가 면제되는 재화나 용역에만 해당됩니다. 일반 과세거래는 기존처럼 공급자가 세금계산서를 발행해야 합니다.

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