매입자발행세금계산서 제도 총정리! 판매자가 계산서를 발행하지 않아도, 매입자가 직접 발급할 수 있는 방법이 생겼습니다. 부가세 면세 거래에서 세금계산서를 못 받은 경우, 매입자발행계산서를 통해 비용처리와 부가세 공제를 받을 수 있습니다. 실무 예시와 함께 신청 절차, 주의사항까지 정리해드립니다.

청구스
2025. 6. 11.

“식자재 납품받았는데 거래처가 폐업해버렸어요. 계산서를 못 받았는데 이거 비용처리 안 되는 건가요?”
– 실제 청구스 고객 상담 중
사업하시다 보면 예상치 못한 상황, 특히 거래처의 폐업, 잠적, 연락두절로 세금계산서를 못 받는 일이 생깁니다. 과거에는 이럴 때 속수무책이었지만, 이제는 매입자가 직접 계산서를 발행할 수 있는 제도가 생겼습니다. 2023년 7월부터 시행된 ‘매입자발행계산서’ 제도가 바로 그것이죠.
이번 글에서는 실무자분들이 반드시 알아야 할 이 제도의 핵심 내용과 실제 적용 방법, 주의할 점까지 정리해드립니다.
📌 매입자 발행 계산서 제도란?
2023년 7월 1일부터 시행된 제도로, 부가가치세 면세 거래에서 판매자가 계산서를 발행하지 않는 경우 매입자가 직접 계산서를 발행할 수 있도록 허용한 제도입니다.
이 제도가 도입된 이유는 아주 실무적입니다.
“판매자가 부도났다고요? 거래는 분명히 있었는데 계산서를 안 줬다니... 그러면 제 세금은요?”
이런 억울한 상황을 막고, 소득세 신고 시 비용으로 인정받을 수 있는 증빙 수단을 확보할 수 있도록 한 것이죠.
🧾 어떤 거래에 쓸 수 있나요?
다음 요건을 모두 충족해야 합니다.
부가가치세가 면세되는 재화·용역 거래일 것
예: 농산물, 수산물, 교육 서비스, 의료 서비스, 임대료 등공급가액 5만 원 이상일 것
거래시기가 속한 과세기간 종료일부터 6개월 이내에 신청할 것
예: 2023년 7월 1일 거래 → 2024년 6월 30일까지 신청 가능
📝 매입자가 계산서 발행하는 절차
거래사실 확인 신청
홈택스나 세무서에 [거래사실 확인신청서]와 입증서류 제출
(거래명세표, 영수증, 계좌이체 내역 등)세무서에서 사실관계 확인
판매자 관할 세무서와 함께 실거래 여부 조사확인 결과 통지 수령
매입자와 판매자 양쪽에 ‘거래사실 확인 통지’가 도착매입자 발행 계산서 작성 및 보관
세무서가 인정하면 매입자가 직접 계산서를 발행하고 보관
(공급자에게는 발급할 수도 있고, 하지 않아도 되는 경우도 있음)
✅ 실무 팁: 이런 경우엔 이렇게!
✅ 실제 사례 ①: 폐업한 채소 납품업체
청구스 고객 중 한 음식점 사장님은 2023년 하반기, 매입한 채소에 대한 계산서를 받지 못했습니다. 확인해보니 거래처가 폐업 상태. 다행히 계좌이체 내역과 거래명세표가 있어 매입자발행계산서로 비용 처리에 성공했습니다.
💡 교훈: 현금거래보단 계좌이체를 해두면 이런 상황에서 증빙으로 쓰기 유리합니다.
✅ 실제 사례 ②: 수산물 거래 – 농어민이라도 OK?
“어민한테 직거래로 회를 사왔는데 계산서 못 받았어요.”
이런 경우엔 어민이 비사업자라면 매입자발행계산서는 적용되지 않지만,
👉 소득세법상 ‘농어민 거래’는 계산서 없이도 필요경비 인정이 가능합니다.
다만 이 경우에도 입금증, 거래명세서 등 증빙서류를 잘 챙겨놓는 게 중요합니다.
💡 매입자 발행 계산서의 2가지 큰 혜택
소득세 필요경비 인정
– 비용 증빙이 없어도 매입자 발행 계산서만으로 인정 가능
– 증명서류 수취 불성실 가산세도 피할 수 있어요부가가치세 의제매입세액공제
– 음식점, 제조업 등은 면세 농수산물 매입 시 부가세 환급 가능
⚠️ 유의사항
사업자가 아닌 자(미등록업자 포함)와 거래한 경우는 원칙적으로 발행 불가
신청기한(과세기간 종료 후 6개월 이내) 반드시 지킬 것
신청서류 누락 또는 인적사항 오류 시 보정 요구 → 미이행 시 거부 처리
정리 요약
항목 | 내용 |
---|---|
제도명 | 매입자발행계산서 |
대상 | 부가세 면세 거래에서 계산서 미발급된 경우 |
요건 | 5만 원 이상, 과세기간 종료 후 6개월 이내 |
절차 | 거래사실 확인 신청 → 세무서 확인 → 직접 발행 |
혜택 | 비용처리, 부가세 의제공제 가능 |
자주 묻는 Q&A
Q1. 매입자발행계산서는 어디서 신청하나요?

A. 홈택스에서 신청 가능하며, ‘일반세무서류 신청’ 검색 → 신청서 작성 후 입증서류 첨부
또는 관할 세무서 직접 방문도 가능합니다.
Q2. 공급자가 폐업했는데도 거래사실 확인이 되나요?
A. 가능합니다. 거래 입증자료(계좌이체 내역, 문자, 계약서 등)가 있다면 세무서에서 실거래 여부를 판단하여 발급할 수 있습니다.
Q3. 이 제도가 부가세가 붙는 일반 거래에도 적용되나요?
A. 아니요. 부가가치세가 면제되는 재화나 용역에만 해당됩니다. 일반 과세거래는 기존처럼 공급자가 세금계산서를 발행해야 합니다.